Założycielami Shopify są Kanadyjczycy Tobias Lütke, Daniel Weinand i Scott Lake. Historia Shopify sięga roku 2004, kiedy to Lütke próbował sprzedać deski do snowboardu online. Nie był jednak zadowolony z istniejących wówczas na rynku platform e-commerce, dlatego postanowił stworzyć własne narzędzie. Wspólnie z Weinandem i Lake'em opracowali pierwszą wersję Shopify i uruchomili ją w 2006 roku.
Początkowo Shopify był niszową platformą, ale z czasem zyskał na popularności i stał się jednym z liderów w branży e-commerce. Firma rozwijała się dynamicznie, wprowadzając nowe funkcje i ulepszając swoje rozwiązania. W 2015 roku Shopify zadebiutował na giełdzie i od tego czasu firma notuje stabilny wzrost.
Dzisiaj Shopify jest używany przez setki tysięcy przedsiębiorców z całego świata i oferuje wiele narzędzi do zarządzania sklepem internetowym, w tym możliwość integracji z innymi usługami, takimi jak Amazon czy Instagram.